Die fürstliche „Kammermusik“ umfasste die Instrumentalmusik, Orchester- oder Kammerbesetzung, die musikalische Organisation der Hofbälle usw. H. schrieb 1761–90 an die 70 seiner 107 Sinfonien primär für den Esterházyschen Hof, d. h. für die zweimal wöchentlich stattfindenden Akademien oder andere höfische Anlässe, darunter die sog. „Alleluja“-Sinfonie Nr. 30, die Sinfonie Mit dem Hornsignal Nr. 31 (beide 1765), Maria Theresia Nr. 48, La passione Nr. 49 (beide 1768), die Trauersymphonie Nr. 44 (1771), die Abschiedssymphonie Nr. 45 (1772), La Chasse Nr. 73 (1781). Den innersten Kreis der Esterházyschen Musikausübung repräsentierte das Baryton, ein Gambeninstrument mit Zupfsaiten. Für dieses Lieblingsinstrument des Fürsten, der es auch selbst spielte, komponierte H. zwischen ca. 1765 und 1775 mehr als 160 Stücke in verschiedenen Besetzungen, davon 126 Barytontrios.

Die Kirchenmusik bezog sich v. a. auf die Eisenstädter Kirchen: die Missa Cellensis („Cäcilienmesse“, 1766), die Missa in honorem BMV („Große Orgelsolomesse“, 1768), die Missa Sti. Nicolai („Nikolaimesse“, 1772), das Karfreitagsoratorium Stabat Mater (1767). Auf Eszterháza stand Kirchenmusik nur am Rande der höfischen Repräsentation. Während das Esterházysche Kirchenmusikensemble ständig in Eisenstadt verblieb, wurde H. mit neuem Dienstvertrag 1779 noch zusätzlich zum Organisten auf Eszterháza bestellt.

Im Mittelpunkt der höfischen Repräsentation stand die italienische Oper, für die ein ständiges italienisches Sängerensemble engagiert war. H.s erste Oper, Acide, komponiert für die Hochzeit des Fürstensohnes im Jänner 1783, wurde noch in Eisenstadt aufgeführt, desgleichen die Opera buffa La Canterina, 1766, die auch im Karneval 1767 in Pressburg „gastierte“. In den Jahren 1763 und 1764 hatte H. auch drei Huldigungskantaten zum Namenstag und zur Rückkehr des Fürsten aus Frankfurt zu verfassen. Der eigentliche Schauplatz von H.s Bühnenwerken aber war das Opernhaus von Eszterháza, das 1768 mit H.s Opera buffa Lo speziale (Der Apotheker, nach C. Goldoni) eröffnete; das Marionettentheater wurde anlässlich des Besuchs der Kaiserin Maria Theresia im September 1773 mit H.s deutschem Singspiel Philemon und Baucis seiner Bestimmung übergeben. Für die Bühne in Eszterháza schrieb H. 10 italienische Opern, die hauptsächlich der Buffo-Oper und der Mischgattung Opera Semiseria oder Dramma giocoso angehören, darunter Le pescatrici (nach Goldoni, 1771), L’infedeltà delusa (1773), die Türkenoper L’incontro improvviso (1775; Umarbeitung eines französischen Librettos, das auch von Chr. W. Gluck vertont worden war: La rencontre imprévue), Il mondo della luna (nach Goldoni, 1777), La vera costanza (1778), La fedeltà premiata (1780/1781, zur Neueröffnung des Opernhauses nach dem Brand von 1779), Orlando paladino (1782). Das ältere Genre der Opera seria wie L’isola disabitata (nach P. Metastasio, 1779) und Armida (1783) war die Ausnahme im Repertoire. 1776–90 wurde nicht nur, wie bisher, zu dynastischen Festen und großen Anlässen (wie zum Besuch Kaiserin Maria Theresias 1773) Oper gegeben, sondern durchgängig italienisches Repertoire gespielt: In diesen Jahren leitete H. die Einstudierung und Aufführungen von 88 verschiedenen zeitgenössischen Bühnenstücken in ca. 1200 Aufführungen; allein 1786 z. B. gab es 7 Premieren, eine Wiederaufnahme und 9 aus dem Vorjahr weitergespielte Opern in 125 Aufführungen. H. war hierbei jeweils für die gesamte Einstudierung von der Einrichtung der Partitur (bis zur Neukomposition von Arien für bestimmte Sänger), den Proben bis zur Aufführung des Werks verantwortlich. Daneben komponierte H. auch Musik für das deutsche Singspielrepertoire (z. B. Philemon und Baucis, 1773) und Bühnenmusiken wie jene zu Charles-Simon Favarts Schauspiel Le Distrait (Der Zerstreute), die dann zur Sinfonie Nr. 60, Il distratto (1774) umgearbeitet wurde. (Die Aufführungen deutscher Schauspiele und Singspiele lagen in den Händen saisonal verpflichteter Theatertruppen.)

Für die Beziehung zu seinem Dienstgeber ist H.s im Rückblick gegebener Bericht (Georg August Griesinger) charakteristisch, er habe als Leiter des Orchesters alles erproben können, ohne durch äußere Einflüsse gestört oder behindert zu werden: „und so mußte ich original werden“.

Außerhalb des unmittelbaren dienstlichen Arbeitsfelds, aber in Naheverhältnis dazu entstanden einerseits die Instrumentalkonzerte, vermutlich für verschiedene Mitglieder der Hofkapelle, andererseits die Missa brevis S^ti. Joannis de Deo (Kleine Orgelsolomesse, 1775[?], für den Orden der Barmherzigen Brüder in Eisenstadt). Daneben nahm H. eine Reihe von Aufträgen „von außerhalb“ an: die allegorische Festkantate Applausus für das Professjubiläum des Abtes des Stifts Zwettl (1768), das italienische Oratorium Il ritorno di Tobia (1775, umgearbeitet 1784) für die Wiener Tonkünstler-Sozietät, die Mariazeller Messe für einen privaten Auftraggeber (1782), die Instrumentalmusik über die Sieben letzten Worte unseres Erlösers am Kreuze für das Domkapitel von Cádiz/E (1785), die sechs Konzerte für 2 Orgelleiern als Auftrag des Königs von Neapel (1786). Seit Beginn der 1780er Jahre begann H. sich zunehmend international zu orientieren: Die Sinfonien Nr. 76–78 (1782) sind die ersten, die nicht für den Fürsten, sondern für eine geplante, aber nicht zustande gekommene England-Reise komponiert sind. Einen entscheidenden Schritt auf die internationale Karriere hin bedeutete der Auftrag der Pariser Loge Olympique zur Komposition von 6 Sinfonien (die Pariser Sinfonien, Nr. 82–87, 1785/86). Ebenso setzte H. auf die neuen Verlagsmärkte (z. B. Artaria, ab ca. 1780 der Wiener Hausverlag H.s), die eine erstarkende bürgerliche Musikkultur bedienten. Die Klaviersonaten, die Klaviertrios der 1770/80er Jahre, aber v. a. die 1769–90 komponierten Streichquartettzyklen op. 9–64 sind primär für die Verbreitung über das Medium des Notendruckes bestimmt und festigten H.s Ruf in den privaten Musikzirkeln.

Als Fürst Nikolaus im Oktober 1790 starb, wurde H. durch dessen Sohn und Nachfolger, Anton, pensioniert. H., der den Aufenthalt auf Eszterháza zunehmend als lästig empfunden hatte, ließ sich unverzüglich in Wien nieder. Dort ließ sich H. jedoch noch im selben Jahr vom Violinisten und Impresario Johann Peter Salomon zu einer Konzerttournee nach England anwerben. Die folgenden beiden englischen Aufenthalte, von Anfang 1791 bis Juni 1792 und von Februar 1794 bis August 1795, bedeuten den endgültigen Durchbruch des bereits 58-jährigen Musikers zu europäischem Ruhm. H. komponierte seine populären und erfolgreichen sog. 12 Londoner Symphonien (Nr. 93–104) und die Concertante B-Dur (Nr. 105, 1792), die im Rahmen der „Salomon-Concerts“ am Hanover Square (bzw. 1795 der „Opera-Concerts“ im King’s Theatre) in London aufgeführt wurden und den Gipfel seines symphonischen Schaffens darstellen. Eine noch in Wien begonnene, zur Eröffnung des italienischen Theaters in London geplante Oper, L’Orfeo ed Euridice ossia L’anima del filosofo, H.s letztes Bühnenwerk, gelangte nicht zur Aufführung, weil das Theater die königliche Permission nicht erhalten hatte. Neben zahlreichen künstlerisch fruchtbaren Bekanntschaften brachten die englischen Aufenthalte hohe Ehrungen mit sich: Im Juni 1791 wurde ihm an der Universität Oxford der Doktortitel verliehen.

Die letzten Lebensjahre nach der Rückkehr aus England verbrachte H. in Wien, wo er sich 1793 ein Haus in der Wiener Vorstadt Gumpendorf (heute Wien VI) gekauft hatte, das er 1797 bezog. H. wurde zwar von Fürst Nikolaus II. nominell wieder in den Esterházyschen Dienst reaktiviert; er hielt sich jedoch bis 1803 nur jeweils einige Sommermonate in Eisenstadt auf, wo er 1796–1802 v. a. die sechs späten Messen vorbereitete, die jeweils zum Namenstag der Fürstin im September in der Eisenstädter Bergkirche aufgeführt wurden. Eine unmittelbare Folge der englischen Aufenthalte waren die Bearbeitungen schottischer und walisischer Volksgesänge, die H. für verschiedene englische Verleger lieferte. Das H.sche Spätwerk entstand vor dem geschichtlichen Hintergrund der Franzosenkriege, was z. B. in den Beinamen einiger dieser Messen seinen Niederschlag fand: Missa in tempora belli (Paukenmesse, 1796), Missa in angustiis (Nelsonmesse, 1798). H. wurde zur Komposition des „Kaiserlieds“ (Volkslied „Gott erhalte“) beauftragt, das später zur Volkshymne des habsburgischen Kaiserhauses wurde (Bundeshymne). Vorwiegend in Wien entstand H.s Spätwerk: die letzten Klaviersonaten und Klaviertrios (z. T. für Bekannte aus den englischen Aufenthalten), die Oratorienfassung der 7 Worte, das Trompetenkonzert Es-Dur (1796), die Streichquartette „op. 76“ (mit dem „Kaiserquartett“ mit den Variationen über das „Gott erhalte“, 1797), „op. 77“ (1799), v. a. aber die beiden Oratorien Die Schöpfung (1798) und Die Jahreszeiten (1801), H.s Hauptwerke aus der späten Wiener Zeit, wovon v. a. Die Schöpfung eine unmittelbare und breite internationale Aufnahme fand. (H. hatte in London die Händel-Tradition kennen gelernt und die Idee zur Schöpfung mitgebracht. G. v. Swieten, der Hofbibliothekar und Vorstand der hochadeligen Wiener Gesellschaft der Associierten Cavaliers, betätigte sich bei beiden Oratorien als Auftraggeber und Textkompilator.) Die Arbeit an den Jahreszeiten hatte H. zunehmend geschwächt, die Harmoniemesse (1802) stellt die letzte vollendete Komposition dar, das Streichquartett „op. 103“ (1803) blieb Fragment. H. ließ sich auf seine Visitenkarte die Notenzeile von Der Greis (aus den Vierstimmigen Gesängen, 1796) setzen: „Hin ist alle meine Kraft / Alt und schwach bin ich“. Die letzten Lebensjahre, in denen H. zunehmend an Altersschwäche und Gelenksarthrose litt, brachten dem Komponisten eine Reihe von Ehrungen aus dem In- und Ausland sowie die Ehrenbürgerschaft von Wien. H. galt als der Doyen unter den europäischen Komponisten, junge Komponisten pflegten ihm jeweils ihr erstes Opus zu widmen. Zu seinen Schülern zählten L. v. Beethoven, den er 1792 auf seiner Rückreise aus England von Bonn nach Wien mitgenommen hatte, und S. Neukomm, der u. a. die Klavierauszüge der Oratorien anfertigte. H. starb 1809 während der französischen Besatzung von Wien und wurde zunächst am sog. Hundsturmer Friedhof (Wien XII) begraben. Fürst Nikolaus II. ließ seinen Leichnam jedoch 1820 in die Eisenstädter Bergkirche überführen, wo er seit 1954 in dem 1932 errichteten Mausoleum beigesetzt ist.

Schon im frühen 19. Jh. wurde im Musikschrifttum jene Dreiergruppe festgeschrieben, die als die Komponistentrias des Wiener klassischen Stils (Wiener Klassik) umfassende Geltung erlangen sollte: H., W. A. Mozart und Beethoven. H., der älteste von ihnen, dessen Schaffen am weitesten in die sog. Vorklassik zurückreicht, gilt geradezu als Pionier der klassischen Instrumentalformen, insbesondere der Sinfonie, der Klaviersonate und des Streichquartetts. Sein Einfluss auf instrumentalem Gebiet ist kaum zu überschätzen, zumal auf den jüngeren Mozart, den er persönlich kannte, und auf Beethoven, der sein Schüler war. Neben den Streichquartetten, Klaviersonaten und -trios aber war es zunächst v. a. das symphonische Spätwerk (die Pariser und Londoner Sinfonien), die 7 Worte, Die Schöpfung und Die Jahreszeiten sowie die späten Messen, die unmittelbar in die Formationsphase des klassischen Repertoires Eingang fanden, während das frühere Werk erst eigentlich im 20. Jh., im Zuge der neueren H.-Forschung, systematisch erschlossen wurde. Auch H.s umfangreiches Opernschaffen, im 19. Jh. so gut wie vollständig vergessen, wird seit den 1960er Jahren für die Bühne zu revitalisieren versucht. H.s zu Lebzeiten so bewunderte Werke wurden während des 19. Jh.s vielfach als altväterisch empfunden („Papa H.“) und gegenüber denen Mozarts und Beethovens unterbewertet. Erst nach dem Ersten Weltkrieg erwachte ein neues Interesse an der Musik des Komponisten, deren überragende Konstruktivität zunehmend erkannt wurde. Ein wesentlicher Schritt auf ein modernes H.-Bild hin bedeuteten die Gründungen der H.-Gesellschaft (1949) und des Kölner J. H. Instituts (1955, Haydn-Gesellschaften) mit den von diesen herausgegebenen Werkeditionen und Publikationen.